【一】覆診進程
出院後，覆診次數的頻密是要視乎個人的情況而定。通常最初是每星期兩次，接著每星期一次，每兩星期一次或每三星期一次。當你的情況逐漸穩定時，覆診就會延長至每年一次。
【二】化驗及檢查
於每次覆診時，你會接受不同的化驗及檢查以監察病情和查驗有沒有在治療中帶來副作用。一般的化驗及檢查是：
- 血液化驗
常規的血液化驗以查驗治療所需的血球計數、肝腎功能檢查、巨細胞病毒測試、環孢素（Cyclosporin）血藥濃度。其他非常規血液化驗有血液細菌培植、免疫球蛋白數值。（病人抽血當天早上，環孢素及某些排斥藥物抽需抽血後服用。）
- 肺部檢查
定時肺部檢查如X-光肺部和肺功能吹氣測試是需要的，以檢測肺部及肺功能有沒有異常。在移植日後第90天，第180天，第365天，及最後到每年一次， 或有需要時（如有病徵）。
- 骨髓檢查
骨髓檢查通常是在移植日後第28天、第90天（3個月），第180天（6個月），一年。
- 特別檢驗
如有需要，其他檢查如電腦斷層攝影、骨質掃描、骨骼檢查術等等是用來跟進病者的病情。
【三】康復期間之治療
- 血液品補給
- 輸血：如血色素過低
- 輸血小板：如血小板值過低或身體情況需要
- 藥物治療
- 抗生素：針對細菌感染
- 阿昔洛韋 (Acyclovir)：針對帶狀泡疹或水痘
- 更昔洛韋 (Ganciclovir)：針對巨細胞病毒
- 戊烷 (Pentamidine) 或 三甲基氧芐氨嘧 (Septrin)：預防肺囊蟲感染。 通常異體移植需服用最少一年，而自體移植大概三至六個月左右
- 環孢素 (Cyclosporin)：預防移植體抗對宿主病 (GvHD)。而環孢素藥份量是會在移植日後6個月至一年慢慢減至停服。但若移植體抗宿主病 (GvHD)徵狀持續時， 可能需要改用或加上其他 (GvHD) 治療
【四】再防疫注射程序
- 造血幹細胞移植後的病人是要重新接種滅活疫苗，而基於活疫苗須在移植後兩年醫生評估後才可以注射